Отдел планирования подготовки специалистов
Отдел финансирования высшего и дополнительного профессионального образования
Отдел финансирования учреждений начального и среднего профессионального образования
Отдел формирования бюджета и текущего финансирования
Отдел экономики профессионального образования
Отдел экономики общего образования
Отдел учета и отчетности по учреждениям высшего профессионального образования
Отдел учета и отчетности по учреждениям начального и среднего профессионального образования
Отдел учета и отчетности по центральному аппарату
Отдел учета и отчетности по федеральным целевым программам
Отдел учета расходов федерального бюджета
Контрольно-ревизионный отдел
Отдел учреждений высшего профессионального образования
Отдел учреждений среднего профессионального образования
Отдел учреждений начального профессионального образования
Отдел учреждений общего, дошкольного, дополнительного образования детей и других образовательных учреждений
Отдел дополнительного и послевузовского профессионального образования
Отдел международного образования
Отдел двустороннего сотрудничества
Отдел сотрудничества с государствами СНГ
Отдел международного молодежного сотрудничества
Отдел воспитательной работы и спорта
Отдел организационной работы с молодежью
Отдел информационного обеспечения и международного молодежного сотрудничества
Отдел поддержки молодой семьи и трудоустройства
Отдел государственных закупок
Отдел реализации федеральных целевых, государственных и межотраслевых программ
Отдел информатизации образования
Отдел координации и мониторинга ФЦП
Общий отдел
Контрольный отдел
Отдел кадровой работы
Отдел правового обеспечения
Технический отдел
Специальный отдел
Отдел мобилизационной подготовки
Отдел статистики и баз данных